@gblatt, genau. Der Möglichkeiten gäbe es wohl noch einige.
Bis vor kurzem hat mich z.B. genervt, dass bei handschriftlichen Noten ein Teil der Noten als Stich/Vorschlagnoten ohne Wert erkannt wurden, bis ich entdeckt habe, dass man das in den Erkennungsoptionen einstellen kann: d.h. Stich/Vorschlagnoten als normale Noten erkennen.
Manchmal beschleicht mich im Nachhinein das Gefühl, z.B. bei relativ einfachen Stücken, dass Abtippen von Hand in Capella fast schneller gegangen wäre, als die Erkennung zu korrigieren. Aber keine Frage: Handschriftnoten sind sicher sehr schwierig zu erkennen.

Mangels Detailwissen würde ich wild spekulieren, das es noch weitere Möglichkeiten gäbe, die mit vertretbarem Programmieraufwand zu realisieren sein könnten.
1. (zwingende) Vorgabe von Schlüssel, Tonart und Takt. Vielleicht geht das auch mit dem Mustersystem, ist bislang für mich aber intuitiv nicht verständlich. Vielleicht hilft da auch ein Blick ins Handbuch?
2. Vorgabe, dass in dem (einfachen) Stück nur bestimmte Noten/Pausenwerte, z.B. nur 4tel und 8tel vorkommen, so dass keine unsinnigen Ganzen, Halben oder 16tel korrigiert werden müssen.
3. Vorgabe dass z.B. keine Bindebögen, Atemzeichen oder Artikulationszeichen erkannt werden sollen. (z.B. Achtelbalken fälschlicherweise als Bindebögen + Viertel erkannt)
Das sollte die Erkennung noch eindeutiger machen (oder vielleicht auch schwieriger?)
Vielleicht liest hier ja ein Capella-Scan-Entwickler mit und kann kommentieren?